Zmeny, ktoré nastanú vo fungujúcich spoločnostiach, zvyknú byť zložitejšie s ohľadom na celý proces zápisu týchto zmien. Môže sa to týkať sídla firmy, spoločníka alebo konateľa, zmeny obchodného mena, zúženie alebo rozšírenie predmetu podnikania či navýšenie základného imania spoločnosti. Všetky však treba zapísať do OR, no nie je nutné zapisovať každú zmenu samostatne, ale je možné vykonať ich naraz jediným zápisom. Výhodou je nutnosť platiť len jeden súdny poplatok a celý proces zápisu je oveľa jednoduchší a rýchlejší.
Zmeny, ktoré je možné zapísať do OR:
-Zúženie a rozšírenie predmetu podnikania: predmet podnikania si treba voliť pri zakladaní spoločnosti, no v priebehu rokov je možné niektoré činnosti vylúčiť alebo naopak iné do podnikania pridať. Do úvahy treba brať voľnosť či viazanosť jednotlivých živností. Najprv treba zmeny v obchodnom registri živnostenskému úradu predložiť žiadosť, potom podať návrh na zmenu do OR a tiež daňovému úradu.
-Zmena obchodného mena a zmena sídla spoločnosti si vyžadujú rovnaký postup pri ich zápisoch do OR a daňovému úradu. Potrebná je zápisnica z valného zhromaždenia s prijatím zmeny, preukázať užívacie či vlastnícke právo k nehnuteľnosti, dokumentáciu k návrhu na zmenu do OR, podanie a prevzatie potvrdenia o vykonaní zmeny.
-Zmena konateľa s.r.o. je možná na valnom zhromaždení a tieto zmeny treba zapísať do OR. Obsahovať má dátum vzniku nového a zániku pôvodného konateľa. Je nutná dokumentácia, návrh na zmenu v OR, prevzatie potvrdenia o zmene a oznámenie príslušným úradom.
-Zmenu trvalého pobytu konateľov treba vykonať v OR, podobne ako pri ostatných úkonoch a všetky zmeny nakoniec ohlásiť aj daňovému úradu.
-Akékoľvek iné zmeny v s.r.o. takisto podliehajú nutnosti zápisu do OR a ostatných príslušných inštitúcií.
-Základné imanie a jeho navýšenie alebo zníženie sa môže meniť a tieto zmeny musí schváliť valné zhromaždenie, ktoré o tom rozhodne. Spíše sa zápisnica, podá sa návrh na zmenu v OR a tiež na daňovom úrade. Zníženie imania môže byť nominálne alebo efektívne, no základná výška musí zostať v zákonom stanovenej výške. Tieto zmeny treba zverejniť v Obchodnom vestníku do 15 dní po rozhodnutí, a potom ešte dvakrát s odstupom 30 dní. Všetky zmeny treba oznámiť OR a následne aj daňovému úradu.